因為知曉歷史上的孫承宗是自殺殉國的結局，朱由校也就沒有把他同其他東林黨官員一樣緝拿進大牢。
　　但為了彰顯自己的帝王威嚴，還是將他軟禁在家中，暫停一切職務。
　　因此，孫承宗的家門前到現在也還站著兩排東廠番子，等朱由校來到他家門前時，就恰巧看見這一幕，便笑問道：“孫先生，鎖在深院里的感覺不好受吧�！�
　　“還好，王公公親自給罪臣了派好幾條看門狗，至少無性命之憂。”
　　目睹無數朝中同僚好友被害，孫承宗自然不敢對朱由校有半點怨言，但卻不妨礙他對朱由校的打手王承恩進行明嘲暗諷。
　　朱由校倒也樂得見這兩人斗嘴，要是內臣與外臣相契合對他這個獨裁帝王而言反而是一種不好的現象。
　　自己的祖父萬歷皇帝之所以對張居正的報復那么重，何嘗沒有張居正和馮保聯合壓制了他皇權的因素。
　　“那你得感謝感謝他”，朱由校也不由得插科打諢了一句，見這孫承宗堂堂大學士，官居一品，但宅邸卻不過是一小小的二進院子，院子天井旁的花園地都被開辟成了菜地，還養(yǎng)了雞鴨，走進屋內一看，也就一老婦在里面織布，心里倒也對孫承宗多了幾分好感。
　　那老婦見朱由校等人進來，便忙要起身行禮。
　　朱由校忙制止了她的大禮，問孫承宗：“這位是？”
　　“賤內何氏”，孫承宗說回了一句，朱由校忙道：“原來是師母”，便也欠了欠身，張嫣也跟著上來行禮，吩咐隨身侍女去將禮物拿來。
　　一時進了孫承宗的書房，朱由校才擺出帝王的架子來，一口吹著熱茶，冷聲問道：”孫承宗，你可知罪？“
　　“罪臣知罪，害陛下陷于危境，罪當萬死！”孫承宗忙起身朝朱由校作揖，并將一直擺放在大桌上的烏紗帽端到了朱由校面前。
　　“戴上吧，朕不是暴君，不到萬不得已，朕是不會將自己的老師治死罪的”。
　　朱由校說著就親自起身，將孫承宗手里的烏紗帽接過來戴在了孫承宗的頭上，見他滿鬢盡染白霜，便嘆道：
　　“先生老啦，一時不察，被下面的人蠱惑也是情有可原，這中樞內閣，你是不能再待了，如今秦晉隴三地旱情頗重，當地官員數次來報，潼關之內都滿是流民，再加上邊鎮(zhèn)文臣武將克扣軍餉甚為嚴重，致使發(fā)生無數士兵嘩變；
　　所以，朕想讓先生您掛兵部尚書兼右都御史銜，總制三邊軍糧與響銀，一是賑濟災民，收攏流民，二是安撫士兵，懲治不法官吏；以先生之威望定能替朕安撫三地，使朕無后顧之憂，三地軍民無衣食指愁，不知先生以為如何？“
　　從內閣大學士降調為三邊總制，孫承宗心里倒也沒什么不滿，他也寧愿統兵一方，為大明立下汗馬功勞。
　　因而，還沒等朱由校繼續(xù)勸，他就直接躬身道：“愿為陛下效犬馬之勞�！�
　　朱由校忙握起他的手：“如此甚好，如今朝廷最大之隱患莫過于這三地軍民之安穩(wěn)，我大明的江山社稷就全靠先生您了，先生去后不必手軟，上至巡撫，下至兵卒百姓，若有通敵賣給，違法亂紀，皆可先斬后奏，另外先生也不必怕花錢，該賑濟的就全力賑濟，該修繕的就花錢去修，還有，先生應當特別注意李自成、張獻忠二人，還有李過、劉敏宗等，若能安撫盡量安撫，若不能可直接除掉，到時候朕會派東廠的人協助您。”